Hay evidencias arqueológicas en yacimientos ubicados en el Perú que el género Capsicum fue cultivado hace más de 6000 años, y es uno de los primeros cultivos en América que se autopoliniza. El cultivo se dio al menos en diferentes lugares de Sudamérica y Centroamérica.
La primera expedición de Cristóbal Colón los encontró en el mar Caribe, y los llamó pimientos por su sabor, parecido al de la pimienta negra europea, del género vegetal Piper y botánicamente sin relación. En muchos idiomas europeos, como el francés o el inglés recibieron el nombre de pimienta roja.
Fueron cultivados por todo el mundo tras la época de Colón. Diego Álvarez Chanca, un médico de la segunda expedición de Colón a las Indias Occidentales en 1493, llevó los primeros pimientos a España, y fue el primero en escribir sobre sus efectos medicinales en 1494.
Desde México, en tiempos en que la colonia española controlaba el comercio con Asia, con el nombre de chiles se extendieron rápidamente a las Filipinas y desde allí a la India, China, Corea y Japón, donde fueron incorporados a las cocinas locales.
Una versión alternativa para la expansión del pimiento es que los portugueses los obtuvieron de España, y los cultivaron en la India, como describe Lizzie Collingham en su libro Curry. Collingham afirma en su libro que el chile figura prominentemente en la cocina de la región india de Goa, que fue la ubicación de una colonia portuguesa, por ejemplo en el vindaloo, una interpretación india de un plato portugués. Collingham también describe el viaje de los ajíes desde la India, a través de Asia Central y Turquía, hasta Hungría, donde se convirtió en la especia nacional bajo la forma del pimentón.
En 1995, el arqueobotánico Hakon Hjelmqvist publicó un artículo en Svensk Botanisk Tidskrift afirmando que había evidencias de la presencia de ají o chile en Europa en épocas anteriores a Colón.7 Según Hjelmqvist, los arqueólogos de una excavación en San Botulfo en Lund hallaron un Capsicum frutescenssupuestamente en un estrato del siglo XIII. Hjelmqvist cree que procedía de Asia, y también afirma que Capsicum fue descrito por Teofrasto (370–286 a. C.) en suDe historia plantarum. Sobre el siglo I a. C., el poeta romano Marcial menciona un piperve crudum en sus Libros XI y XVIII, supuestamente describiéndolo como largo y con semillas, una descripción que parece encajar, pero también podría hacerlo con la pimienta larga, que era bien conocida en el imperio romano.
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